Die Klausur war ein räumlich abgegrenzter Bereich des Klosters, in den nur Ordensmitglieder Zutritt hatten. Sie ist das Symbol für die Wüste als Lebensraum der frühen Mönchsväter und galt entsprechend als Schweigeort und Rückzugsort. Zur Klausur gehörten das Dormitorium (Schlafsaal), der Kapitelsaal (Versammlungsraum), der Kreuzgang und auch das Refektorium.

Das Refektorium (lat. reficere = erfrischen, erholen) war der Speisesaal. Den Ablauf der Mahlzeiten gaben die strengen Regeln des heiligen Benedikt vor. Ihre Anzahl richtete sich nach der Jahreszeit und dem lithurgischen Jahreslauf. Die Mönche trafen sich ein- bis zweimal täglich, um gemeinsam zu speisen. Dabei musste die Stunde so gewählt werden, dass dies noch bei Tageslicht geschah. Bevor sie zu Tisch gingen, wuschen und trockneten sie sich sorgfältig die Hände. Noch heute befindet sich an der südlichen Außenwand des Refektoriums ein steinernes Waschbecken, das vermutlich diesem Reinigungsritual diente. Vor dem Essen wurde das Tischgebet gesprochen - oft in Richtung des Kreuzes, das zur Ausstattung eines jeden Refektoriums gehörte und sich hier in Ilsenburg in Resten an der Ostwand erhalten hat. Das Mahl musste schweigend eingenommen werden. Einzig der Tischvorleser las währendessen Texte aus dem Regelwerk des heiligen Benedikt und aus religiösen Schriften.

Das Refektorium hier im Südflügel des Klosters Ilsenburg wurde Mitte des 12. Jahrhunderts errichtet, nachdem um 1120 ein Brand den Vorgängerbau zerstört hatte. Bereits ab Mitte des 16. Jahrhunderts, als sich die Ordensgemeinschaft auflöste, wurde der alte Speisesaal als Lager für landwirtschaftliche Produkte genutzt. In diesem Zusammenhang entstand vermutlich auch der noch vorhandene Zugang zu den Kellergewölben vor der Südwand. Zwischen 1825 und 1834 befand sich im einstigen Refektorium eine Schwefelsäurefabrik. Erst 1929 erfuhr der mittelalterliche Raum durch das Theologische Auslandsseminar, das die Schloss- und Klostergebäude für 30 Jahre gepachtet hatte, mit der Einrichtung einer Bibliothek wieder eine angemessenen Nutzung.

In den Jahren nach 2000 wurde das Refektorium durch die Stiftung Kloster Ilsenburg aufwändig restauriert.

(nach: Infotext im Refektorium)

Zum Fußboden. Die Tragschicht besteht aus Kupferschlacke der Rammelsberge zu Goslar, u. a. ein Hinweis darauf, dass bereits zu diesem Zeitpunkt in Ilsenburg Hüttenindustrie betrieben worden sein muss. Die Kupferschlackenschicht besitzt keine Saugfähigkeit und war somit eine ideale Sperre gegen die aufsteigende Durchfeuchtung.
Im 16. Jahrhundert wurde der Fußboden völlig verschüttet - vermutlich durch das Einstürzen des Kreuzrippengewölbes nach den Unruhen des Bauernaufstandes. Die Spuren der Verschüttung sind noch am Stützenwechsel im südlichen Seitenschiff erkennbar.
Auf dieser etwa 1,40 m dicken Schicht wurde ein neuer Fußboden verlegt, in den hinein im 18. Jahrhundert Grablegungen stattfanden. Im Zusammenhang mit den Grabungen in den 30er Jahren des 20. Jahrhunderts konnten mehr als 40 Gräber nachgewiesen werden. In dieser Zeit erfolgte auch die Abtragung der oberen Fußbodenschicht und die Freilegung des romanischen Befundes.
Die große Zeichnung (auf der Infotafel, Anm. hb) gibt einen Überblick über den gesamtem romanischen Befund. Sie wurde während der Sicherungsarbeiten in originaler Größe Stück für Stück aufgenommen und zusammengefasst.
Am östlichen Ende sind drei Grablegungen erkennbar. Die beiden südlichen Gräber wurden vermutlich im 14. Jahrhundert nachträglich in den Fußboden eingelassen und als Ruhestätte für dem Kloster nahestehende Äbte genutzt.
Über den Zeitpunkt der nördlichen Grablegung besteht noch Unklarheit. Sicher scheint nur, dass sie vor den beiden anderen erfolgt sein muss.
Ob es sich hier möglicherweise um die Ruhestätte des Kirchenerbauers und Klosterreformators Burchard II. ("Buko") von Halberstadt handelt, kann wohl erst durch entsprechende Grabungen überprüft werden.
Von dem ursprünglichen mittelalterlichen Kunstwerk sind heute nur noch Fragmente erhalten.

Die ikonografische Darstellung. Alle bildlichen Darstellungen sind in den Fußboden inkrustriert worden. Dazu wurden mit einem scharfen Werkzeug Vertiefungen in den gegossenen Fußboden eingebracht und mit farbigem Gipsestrich ausgelegt, der in seiner Zusammensetzung dem des übrigen Fußbodens entspricht. Die Farbgebung wurde durch die Beimischung von Eisenoxid für Rot und möglicherweise Holzkohlepartikeln für Schwarz erzielt.
Die Motive der Inkrustrationen resultieren aus der im Mittelalter üblichen Naturverklärung und haben ihren Ursprung in biblischen Szenen.
Betrat man die Kirche vom Westportal aus, erwuchs der Baum des Lebens mit seinen Blüten und Ranken vor den Gottesfürchtigen. Mystische Tiere und Fabelwesen am Eingang sollten dabei wohl das Böse vom Gotteshaus fernhalten. Umgeben war der Baum des Lebens nach drei Seiten von teppichartigen, mit Ornamenten verzierten Gebilden, die frei im Raum endeten. Interessant dabei ist, dass die Verzierungen von West nach Ost in Farbe und Form immer detaillierter gestaltet wurden.
Der Lebensbaum -
könnte das Symbol für den Kreuztod Christi sein. Von den ursprünglich fünf Rankenspiralen an jeder Seite existieren heute nur noch Reste von drei Spiralen an der südlichen und Fragmente einer an der nordwestlichen Seite des Baumes. Im Innern dieser einzigen noch vorhandenen nördlichen Rankenspirale kann man Reste von Inkrustrationen, die wie menschliche Körperteile anmuten, erkennen. Der Farbton der Inkrustrationen unterscheidet sich von den anderen durch seine rötlich-graue Farbe. (...)
Der mystische Fisch-
steht in der altchristlichen Kunst für das heilige Abendmahl und könnte hier die Elemente verkörpern. Seine menschliche Fratze, die nach Westen zeigt, lässt die Vermutung zu, dass er Böses vom Innern der Kirche fernhalten sollte. Er zählt zu den am besten erhaltenen Kunstwerken des romanischen Fußbodens.
(...) Umfangreiche Restaurierungsarbeiten waren notwendig, um mit der archäologischen Sicherung des romanischen Befundes beginnen zu können. Besonders wichtig war es, den Fußboden vor weiteren Schäden durch eindringendes Wasser zu schützen. Dazu wurde die lehmige Sandschicht, die sich unter dem Fußboden befand (ein Ergebnis der Restaurierungsarbeiten in den 30er Jahren des 20. Jh.) durch eine kapillarbrechende, ca. 4 cm dicken Kiesschicht ersetzt. Um ein Auseinanderbrechen des Befundes zu verhindern, wurde er mit einer Sicherungsschicht - erkennbar an den weißen Stellen - umgeben. Das Material dieser Sicherungsschicht entspricht stofflich dem des erhaltenen Befundes, es besteht aus Gipsestrich. Gipsestrich ist ein Stoffgemisch, das in seiner Zusammensetzung vorrangig aus Kalziumsulfat und Wasser besteht. Seine Druckfestigkeit liegt dabei bedeutend über der und sein Abrieb weit unter dem von Beton.
Text: nach der Informationstafel im Innern der Klosterkirche (leicht gekürzt).

1003	Kaiser Otto III. (980-1002) (Anm. hb s. u.) übereignet die Pfalz
	"Elysynaburg" an Bischof Arnulf von Halberstadt (996-1023), der
	hier ein Benediktinerkloster nach Fuldaer Vorbild gründet. Von
	der 1018 geweihten Klosterkirche ist nichts erhalten.
1060/1070	Bischof Burchard II. von Halberstadt (1059-1088) besetzt das Klo-
	ster mit Mönchen aus Cluny. Abt wird Herrand aus Würzburg, der
	die berühmte Klosterbibliothek und Schreibstube gründet.
1078-1087	Der Neubau der Kirche führt zu einem der ersten Reformbauten
	nach cluniaziensischen Vorbild. Zeitgleich zu der in Hirsau errichte-
	ten Kirche St. Peter und Paul, wird in Ilsenburg eine dreischiffige,
	kreuzförmige Basilika mit doppeltürmigen Westbau geschaffen, de-
	ren dreischiffiger Chor eine Höhenstaffelung ohne Krypta aufweist.
	Die Bauweise wird später als "Hirsauer Schule" bezeichnet. 1088
	wird Bischof Burchard II. im Chor beigesetzt.
1138-1176	Umbau der Klausurgebäude. Der qualitätvolle Bauschmuck im erhal-
	tenen Ost- und Südflügel bezeugt den hohen Rang des Klosters.
um 1200	Das Langhaus wird eingewölbt und mit einem Schmuckfußboden
	aus Gipsestrich versehen. Die seltenen Ritzzeichnungen im Estrich
	mit eingelegten roten und schwarzen Pasten zeigen pflanzliche
	Ornamente und Tiermotive. Zeitgleich werden die Basen der Lang-
	hausstützen mit Stuck umkleidet, der bis auf zwei Stücke verlo-
	ren ging.
um 1300	In den doppeltürmigen Westbau wird ein Stufenportal mit figuren-
	geschmücktem Tympanon gesetzt.
1525	Die Nordseite der Kirche mit Turm, Seitenschiff, Querhausarm und
	Chornebenkapellen geht während des Bauernkrieges verloren.
	Große Teile der Klosterbibliothek werden im Kreuzhof verbrannt.
1547	Nach der Reformation und der Aufhebung der Abtei erfolgt 1547
	die Umwandlung in eine evangelische Klosterschule.
1572/1573	Die Grafen von Stolberg-Wernigerode übernehmen die Verwal-
	tung und richten 1609 hier ihren zweiten Wohnsitz ein. Die Kirche
	wird zur Schlosskirche umgebaut, im Chor eine bemalte Holztonne
	eingebaut und die Kirche bis 1710 neu ausgestaltet.
1862	Die Wirtschaftgebäude des Klosters werden zum Residenzschloss
	ausgebaut.
nach 1945	Nach der Enteignung der Familie Stolberg-Wernigerode im Rah-
	men der Bodenreform wird der Schlosskomplex als Ferienheim und
	Hotel genutzt. Die Klosteranlage verfällt.
seit 1999	Die Bauten des bedeutenden Benediktinerklosters werden seit
	1999 intensiv durch die Gesellschaft der Freunde und Förderer des
	Klosters Ilsenburg e. V. und seit 2000 durch die Stiftung Kloster
	Ilsenburg gefördert, aufwändig restauriert und schrittweise wieder
	nutzbar gemacht.

Anm. (hb): Das ist sicherlich ein Schreibfehler, gemeint ist Heinrich II.